Skip to main content
فهرست مقالات

تعیین توالی کامل RNA۲ یک جدایه از ویروس موزاییک کدو (SqMV) از استان خراسان جنوبی در ایران

نویسنده:

نویسنده مسئول:

علمی-پژوهشی (وزارت علوم)/ISC (7 صفحه - از 135 تا 141)

چکیده:

ویروس موزاییک کدو (Squash mosaic virus, SqMV)، تقریبا در تمامی نقاط کشت این محصول در دنیا گسترده بوده، و یکی از عوامل مهم خسارت و کاهش بازارپسندی این محصول می باشد. به منظور شناسایی و بررسی برخی از خصوصیات مولکولی ویروس موزاییک کدو، در سال ۱۳۹۴ از مزارع عمده کشت خربزه در استان خراسان جنوبی، تعداد ۶۲ نمونه برگی دارای علائم جمع آوری شد. نمونه های جمع آوری شده توسط آزمون مولکولی RT-PCRمورد بررسی قرار گرفتند .در این آزمون با استفاده از آغازگرهای اختصاصی طراحی شده مربوط به پروتئین پوششی، قطعه ای به طول bp۱۹۰۰ جهت شناسایی نمونه های آلوده تکثیر گردید. سپس از بین نمونه های آلوده، یک نمونه (شهرستان طبس) انتخاب، و با استفاده از آغازگرهای اختصاصی طراحی شده، RNA۲ ویروس به طول ۳۲۷۱ جفت باز، طور کامل تعیین توالی گردید. RNA۲ ایزووله طبس دارای یک ORF بوده که با AUG۱۲۱ آغاز و در UAG۳۱۴۸ پایان یافته و پلی پروتئینی به طول ۱۰۰۹ آمینواسید را کد می کند. مقایسه توالی پلی پروتئین RNA۲ بدست آمده با جدایه های موجود در بانک ژن نشان داد، که جدایه تعیین توالی شده دارای بیشترین درصد تشابه در سطح نوکلئوتیدی (۸۸/۴۵درصد) و آمینو اسیدی (۹۰/۵۹درصد)، با جدایه ای از استرالیا (شماره دسترسی MF۱۶۶۷۵۴) بوده و کمترین درصد تشابه آن در سطح نوکلئوتیدی (۸۶/۸۲درصد) با جدایه ای از ژاپن (شماره دسترسی NC_۰۰۳۸۰۰) و در سطح آمینواسیدی (۸۶/۳۶درصد) با جدایه اسپانیا (شماره دسترسی KP۲۲۳۳۲۴)، بود. بررسی های فیلوژنتیکی جدایه های SqMV را در دو گروه مجزا قرار داد که جدایه خراسان جنوبی- طبس درکنار جدایه هایی از چین (EU ۴۲۱۰۶۰)، آریزونا (AF۰۵۹۵۳۲) و اسپانیا در یک زیرگروه قرار گرفت که نشان دهنده قرابت این جدایه ها با یکدیگر است.

کلیدواژه ها:

ایران ،توالی یابی ،ویروس موزاییک کدو ،RNA۲

RNA2 ،Squash mosaic virus ،sequence ،Southern Khorasan


برای مشاهده محتوای مقاله لازم است وارد پایگاه شوید. در صورتی که عضو نیستید از قسمت عضویت اقدام فرمایید.