Skip to main content
فهرست مقالات

شناسایی مولکولی و تعیین جایگاه تبارزایی ویروس چروکیدگی توت فرنگی (Strawberry crinkle virus) از مزارع توت فرنگی استان کردستان بر اساس بخشی از ژن پلیمراز مقاله

نویسنده مسئول:

علمی-پژوهشی (وزارت علوم)/ISC (11 صفحه - از 95 تا 105)

چکیده:

چکیده علایم چروکیدگی و بدفرم شدن برگ در تعدادی از بوته‌های توت‌فرنگی در مزارع توت‌فرنگی استان کردستان مشاهده گردید. با بررسی علایم این نمونه‌ها احتمال داده شد که این علایم مربوط به آلودگی نمونه‌ها به ویروس چروکیدگی توت‌فرنگی (Strawberry crinkle virus, SCV) باشد و برای اطمینان با آزمون RT-PCR بررسی شدند. در کل، تعداد 55 نمونه‌ی برگی (دارای علایم و بدون علایم) طی تابستان 1396 از مناطق مختلف استان کردستان جمع‌آوری و RNA کل با روش سیلیکا استخراج گردید و سپس cDNA آن‌ها با استفاده از آغازگرهای تصادفی شش‌تایی ساخته شد. PCR با آغازگرهای اختصاصی SCVdeta و SCVdetb انجام و قطعه‌ای به طول 345 جفت باز از ژن پلیمراز SCV تکثیر گردید. نتایج RT-PCR نشان داد که 9/50 درصد از نمونه‌ها آلوده به ویروس SCV بودند. به منظور بررسی مشخصات مولکولی و تبارزایی این ویروس، هفت جدایه بر اساس منطقه‌ی جغرافیایی، رقم میزبان و نوع علایم انتخاب شده و تعیین توالی شدند. جدایه‌های SCV توالی‌یابی شده در این تحقیق به صورت یک زیرگروه مجزا در گروه تبارزایی اول قرار گرفتند. میانگین فاصله‌ی ژنتیکی در بین جدایه‌های توالی‌یابی شده در این تحقیق در سطح نوکلئوتیدی 005/0 ± 031/0 و با سایر جدایه‌های موجود در ژن بانک 014/0 ± 069/0 بود. مقایسه‌ی دوبه دوی توالی‌های نوکلئوتیدی نشان داد که بیشترین و کمترین تشابه نوکلئوتیدی به ترتیب میان جدایه SAr6 با جدایه 4MM از آرژانتین (1/95 درصد) و جدایه S26 با جدایه HB-A1 از هلند (5/86 درصد) وجود داشت.این اولین گزارش از شناسایی این ویروس در مزارع توت‌فرنگی استان کردستان و اولین گزارش از ردیابی مولکولی این ویروس در ایران می‌باشد.

Abstract Leaf crinkle symptoms in some strawberry plants were observed in field, and therefore 55 leaf samples (symptomatic and asymptomatic) were collected from Kurdistan province and tested for infection with Strawberry crinkle virus (SCV) by RT-PCR. Total RNA was extracted by silica-capture method and subjected to cDNA synthesize with random hexamer primers. RT-PCR was done by specific SCV-primers and PCR products were observed on 1.2% agarose gels. RT-PCR results were showed that 51.9% of the samples were infected by SCV. Based on the geographical origin, cultivar and symptom, seven isolates were selected, sequenced and analyzed for molecular characterization and phylogenetic studies on SCV L-gene. Phylogenetic analysis showed that all the seven isolates from Kurdistan were placed in a distinct subgroup, phylogenetic group II. The average genetic distance between the isolates from Iran was 0.031 ± 0.005 but between these isolates and the other isolates, available in GenBank, was 0.069 ± 0.014. Pairwise comparisons of the sequences showed that isolate SAr6 had the highest nucleotide similarity (95.1%) to isolate 4MM of Argentina whereas isolate SS26 had the lowest nucleotide identity with isolate HB-A1 of Netherlands. This is the first report on occurrence of SCV on strawberry in Kurdistan province and also the first report of molecular detection of SCV in Iran.

کلیدواژه ها:

استان کردستان ، فاصله ژنتیکی ، واژه­ های کلیدی: آغازگرهای اختصاصی ، توت­فرنگی

Specific primers ، Genetic distance ، Kurdistan province ، strawberry


برای مشاهده محتوای مقاله لازم است ورود پایگاه شوید. در صورتی که عضو نیستید از قسمت عضویت اقدام فرمایید.

لمشاهدة محتوی المقال یلزم الدخول إلی دخول الموقع.
إن كنت لا تقدر علی شراء الاشتراك عبرPayPal أو بطاقة VISA، الرجاء ارسال رقم هاتفك المحمول إلی مدير الموقع عبر credit@noormags.ir.

You should become a Sign in to be able to see articles.
If you fail to purchase subscription via PayPal or VISA Card, please send your mobile number to the Website Administrator via credit@noormags.ir.