Skip to main content
فهرست مقالات

مقایسه ناحیه‌ های ژنی ITS، D1/D2 LSU rDNA، بتاتوبولین و RNA پلی‌مراز II در جداسازی گونه‌های Allophoma ،Didymella و Neodidymelliopsis از خانواده Didymellaceae

نویسنده مسئول:

نویسنده:

علمی-پژوهشی (وزارت علوم)/ISC (12 صفحه - از 309 تا 320)

چکیده:

در این پژوهش، 12 سویۀ بومی و 80 سویه از گونه‌های شناخته‌شدۀ سه جنس Allophoma،Didymella و Neodidymelliopsis گزینش شدند و در یک تجزیه‌و‌تحلیل تبارزایشی جهت هم‌سنجی ناحیه‌های ژنی ITS، دومین D1 و D2 از زیرواحد بزرگ ژن ریبوزومی (D1/D2 LSU rDNA)، بتاتوبولین و RNA پلی‌مراز در جداسازی گونه‌ها استفاده شدند. ناحیه‌های ژنی سویه‌های بومی با به‌کارگیری DNA استخراج‌شده از زیست‌تودۀ میسیلیومی خشک‌انجمادی شده تکثیر و توالی‌یابی شدند. تجزیه‌و‌تحلیل تبارزایشی با به‌کارگیری الگوریتم درست‌نمائی بیشینه انجام شد. ناحیه‌های D1/D2 LSU rDNA، ITS، rpb2 و tub2 به ترتیب 0، 20، 43 و 46 گونه از 61 گونۀ مربوط به سه جنس موردبررسی را جداسازی کردند. در تجزیه‌و‌تحلیل تبارزایشی ترکیب ناحیه‌های ژنی، همۀ توالی‌های ترکیبی (ITS-tub2، ITS-rpb2، tub2-rpb2، ITS-tub2-rpb2 و ITS-28S-tub2-rpb2) توانستند، نزدیک به 49 گونه از 61 گونۀ موردبررسی را جدا کنند. نتیجه‌ها نشان دادند که برای شناسایی و جداسازی دقیق گونه‌های Allophoma، Didymella و Neodidymelliopsis، توالی‌یابی و تجزیه‌و‌تحلیل تبارزایشی سه ناحیه ITS، tub2 و rpb2 در کنار بررسی‌های ریخت‌شناسی نیازین است. چنانچه به خاطر محدودیت‌های مالی یا زمانی در یک پژوهش، تنها تکثیر و توالی‌یابی یک ناحیه دلخواه باشد، ژنtub2 یا rpb2 بهترین نتایج را ارائه می‌کنند.

In this study, 12 native strains and 80 strains from the known species of Allophoma, Didymella, and Neodidymelliopsis were selected. The ITS, D1/D2 LSU rDNA, tub2 and rpb2 regions of the mentioned strains were compared for species delimitation using phylogenetic analysis. The genomic regions of the native strains were amplified using DNA extracted from freeze-dried mycelia and sequenced. The phylogenetic analysis was performed using the maximum likelihood algorithm. The regions of the D1/D2 LSU rDNA, ITS, tub2, and rpb2 delimited 0, 20, 43, and 46 out of 61 species studied, respectively. In the phylogenetic analysis based on combined regions, all datasets (ITS-tub2, ITS-rpb2, tub2-rpb2, ITS-tub2-rpb2, and ITS-28S-tub2-rpb2) could delimit 49 out of the 61 species under survey.Results showed that the sequencing and phylogenetic analysis of the ITS, tub2, and rpb2 regions in combination with morphological studies are necessary for species delimitation of the Allophoma, Didymella and Neodidymelliopsis genera. In a single-locus phylogeny, tub2 or rpb2 genes are the best markers among the genomic regions used.

کلیدواژه ها:

تجزیه‌و‌تحلیل تبارزایشی ،شناسایی گونه ،فیلوژنی تک‌ژنی و چندژنی

species identification ،gene and multigene phylogeny ،Single ،Phylogenetic Analysis


برای مشاهده محتوای مقاله لازم است وارد پایگاه شوید. در صورتی که عضو نیستید از قسمت عضویت اقدام فرمایید.