Skip to main content
فهرست مقالات

ردیابی و معرفی نشانگرهای ریزماهواره در گیاه شاهدانه با کاوش در ترنسکریپتوم

نویسنده:

نویسنده مسئول:

علمی-پژوهشی (وزارت علوم)/ISC (9 صفحه - از 313 تا 321)

چکیده:

گیاه شاهدانه یکی از مهم‌ترین گیاهان ازنظر اقتصادی برای تولید دارو، غذا، فیبر و روغن است. بااین‌حال نبود نشانگرهای کافی و مؤثر ریزماهواره، گسترش بررسی‌های ژنتیکی این گیاه را محدود کرده است. در این پژوهش داده‌های ترنسکریپتوم برای شناسایی و معرفی ریزماهواره‌ها به‌منظور بررسی تنوع ژنتیکی و تفکیک رقم‌ها و جمعیت‌های فیبری و دارویی استفاده شد. بر پایۀ این داده‌ها 3388 مکان ریزماهواره از 1402 توالی در رقم فیبری و 10381 مکان از 4743 توالی در رقم دارویی شناسایی شد. در میان این نشانگرها موتیف‌های سه نوکلئوتیدی و پس از آن تک و دو نوکلئوتیدی بالاترین فراوانی را نشان دادند. آغازگرهای مناسب برای افزونش 234 ریزماهواره از 152 توالی منحصر در رقم فیبری و 1543 ریزماهواره از 1372 توالی مختص در رقم دارویی طراحی شدند. این بررسی نخستین ارزیابی در مقیاس گسترده برای شناسایی نشانگرهای ریزماهواره از توالی‌های ترنسکریپتوم در گیاه شاهدانه است. تأثیر این نشانگرهای مولکولی می‌تواند با استفاده از جمعیت‌های موجود در ایران آزمون و ارزیابی شده و کارایی آن‌ها در اصلاح این جمعیت‌ها بررسی شود.

Cannabis sativa L. is an important economic plant for the production of medical, food, fiber and oils. Nevertheless, lack of sufficient simple sequence repeat (SSR) markers has limited the development of cannabis genetic research. In this study, transcriptome sequences were used for identification and introduction of SSR markers in order to assess genetic diversity and separation of fiber and drug types. Based on the cannabis RNA-Seq data, 3383 SSR were identified from 1402 reads in fiber type whiles this number was 10381 for 4743 reads in drug type. Among these markers, trinucleotide repeat motifs were the most abundant, followed by mononucleotide and dinucleotide. Primers were successfully designed for amplification of 234 SSR markers from 152 individual sequences in fiber and 1543 SSR markers from 1372 individual sequences in drug using Primer3 with default parameters. This study outlines the first large-scale development of SSR markers for cannabis. The effectiveness of these molecular markers should be tested using different Iranian Marijuana populations and could be particularly useful for cannabis populations breeding.

کلیدواژه ها:

بررسی‌های ژنتیکی ،تیپ دارویی ،ریزماهواره‌ها و فیبری ،موتیف دو نوکلئوتیدی

Dinucleotide motifs ،fiber and drug types ،genetic research ،Microsatellites


برای مشاهده محتوای مقاله لازم است وارد پایگاه شوید. در صورتی که عضو نیستید از قسمت عضویت اقدام فرمایید.